El mismo año que Sonic The Hedgehog 3, y de nuevo para Megadrive, salió al público la cuarta entrega de la saga llamada Sonic & Knuckles.
Este juego volvía al modo 1 player solo y sin la opción de usar a Tails, pero en su lugar podías elegir a Knuckles, el enemigo de Sonic The Hedgehog 3.
La historia, escenarios y enemigos cambiaban en función de si jugabas con Sonic o Knuckles.
Esta entrega tiene la particularidad de tener el único cartucho de la historia con tecnología lock-on, que permite unir los cartuchos de juego de Sonic The Hedgehog, Sonic The Hedgehog 2 y Sonic The Hedgehog 3 al cartucho de Sonic & Knuckles creando los juegos Blue Sphere, Knuckles The Echidna in Sonic the Hedgehog 2 y Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles respectivamente.
Este último también es conocido como Sonic 3 & Knuckles y permitía jugar con Sonic, Tails, Knuckles y con Sonic y Tails como modo 2 players. Además es el juego 2D de la saga Sonic más largo hasta la fecha.
En total, entre Sonic The Hedgehog 3 y Sonic & Knuckles han vendido más de 4 millones de copias, demostrando de nuevo el poder de la saga Sonic.
Knuckles ha pasado a ser otro de los reclamos de la saga, y el segundo erizo más famoso del mundo de los videojuegos.